1.使用一段時間后柱壓過高：
解決方案：首先查看是否HPLC系統原因，排除系統原因后，原因基本是由于實驗過程中雜質在柱中的累積。盡量完善操作條件，做完樣品后要及時沖洗干凈，如緩沖鹽的流動相一定要用高比例的水溶液(如，90％)沖洗完全后再用有機相保存。
2.篩板堵塞與柱頭塌陷：
解決方法：如確定是色譜柱頭的過濾篩板被污染，可以將色譜柱反方向用甲醇沖洗至正常壓力，或者卸下色譜柱頭，小心取下篩板，用5%左右的硝酸溶液超聲處理20分鐘左右，再用純水超聲20分鐘左右，重新裝入色譜柱。
3.色譜柱頭的填料被樣品污染：
解決方法：
如確定色譜柱頭的填料被污染，將柱頭螺絲卸下，挖出柱內前段被污染的填料，用相同的柱填料重新填入，仔細修復后，重新安裝上柱頭螺絲。
4.色譜柱內緩沖液中的鹽遇到高濃度的甲醇或其他有機溶劑，形成結晶析出：
解決方法：
如確定是鹽結晶，用10%的甲醇/水沖洗色譜柱使柱內鹽全部溶解，再換高濃度甲醇。