因柱效是柱中流動相線性流速的函數，使用不同的流速可得到不同的柱效。對于一根特定的色譜柱，要追求最佳柱效，最好使用最佳流速。對內徑為4.6mm的色譜柱，流速一般選擇1mL/min，對于內徑為4.0mm柱，流速0.8mL/min為佳。當選用最佳流速時，分析時間可能延長。可采用改變流動相的洗滌強度的方法以縮短分析時間(如，使用反相柱時，可適當增加甲醇或乙腈的含量)。
