其他實驗均采用 Thermo ScientificTM NanoFlexTM 離子源進行，離子源上配置 15 cm 的 PicoTipR 噴霧針（New Objective，Woburn，USA；20 μm 內徑，360 μm 外徑，10 μm 針尖)，流速為 1 μL/min，電壓為 1.5 KV。
詳細方法設置見表 3。
表 3. 本研究所有實驗用到的質譜參數
源內CID
源內 CID（SID）是一個 DC 補償參數（0-100 eV），通常加在源內 DC 補償電壓上。源內 DC 補償電壓由三個電壓組成：毛細管 DC，S-lens DC 和 S-lens 的出口透鏡。通過設置源內 CID 參數來應用 DC 補償電壓，應用該電壓會導致多極桿進樣池內的分析物與儀器離子源區域殘留的氣體分子發生碰撞。
全離子裂解
全離子裂解（AIF）是裂解模式的一種，源內產生的所有離子由質譜儀的離子光學組件引導，在 C-trap 內累積，然后一起送入高能裂解池進行裂解。在這種情況下，四極桿的設置并不是選擇某一特定母離子，而是采用所有離子均通過的模式（RF-only）。在分析完整蛋白時，這是一種非常有用的方法，因為不同電荷態往往有不同的裂解模式，因此并不容易預測哪一種模式最好。
數據分析
采用 Thermo ScientificTM Protein DeconvolutionTM 軟件 2.0 版對一級質譜圖進行去卷積。分辨率為 17500 時得到的完整抗體和完整重鏈質譜圖，用 ReSpect ? 算法去卷積。分辨率為 140000 時獲得的完整輕鏈質譜圖和分辨率為 70000時得到的自上而下的譜圖用 Xtract 算法去卷積。為了鑒定完整抗體和還原后的完整重鏈的糖型，我們將已知各種常見糖型組合的分子量與測定分子量進行比較。
采用 Thermo ScientificTM Qual BrowserTM 儀器中的 Xtract 算法對自上而下的 HCD 和 AIF 質譜圖去卷積。使用 ThermoScientificTM ProSightPCTM 軟件 3.0 版本的單個蛋白質模式對碎片離子進行歸屬，碎片離子質量誤差設為5ppm。
采用 Thermo ScientificTM Proteome DiscovererTM 軟件 1.4 版本SEQUESTR 算法對胰蛋白酶酶切物的數據進行檢索分析。數據庫由三種蛋白組成：胰蛋白酶、輕鏈和重鏈的兩個異構體（在 219 位為Ala 或者 Val）。母離子質量誤差設為 10 ppm，碎片離子的質量誤差設為 20 mmu。考慮四個可變修飾：烷基化（半胱氨酸）、氧化（甲硫氨酸）、脫酰胺（天冬酰胺，谷氨酰胺）、谷氨酰胺轉換為焦谷氨酸，和 N，N- 二甲基化（賴氨酸）（僅與胰蛋白酶自酶切產物鑒定相關）。
結果與討論
利妥昔單抗是拮抗 CD20 蛋白的 IgG1 類單克隆抗體，由兩條輕鏈（213 個氨基酸）和兩條重鏈（451 個氨基酸）組成。輕鏈和重鏈通過 12 個鏈內和 4 個鏈間的二硫鍵連接（圖 1）。在該抗體兩個重鏈的 Asn301 處有糖鏈結構。連接的糖鏈組成和長度是變化多端的，從而導致該分子具有微觀異質性。作為一種生物藥，保持不同糖結構的種類和相對豐度是發揮抗體療效必不可少的。附著在抗體上的常見糖的命名如圖2所示。
圖 1. 人源IgG1 屬的單克隆抗體利妥昔的分子結構示意圖