離子阱中分辨率、質量范圍和掃描速度的關系
離子阱的分辨率取決于掃描范圍和掃描速度，當掃描速度為每秒幾百個質量單位時，分辨率將小于四極桿質譜。但是如果以低掃描速度對很小的質量范圍進行掃描時，分辨率可以增加。比如掃描范圍為10Da時，分辨率可以達到5000，這個分辨率足以測定一個小分子肽的多電荷峰。
與四極桿質譜相比，由于在一定的分辨率要求下其掃描速度較慢，離子阱在相同時間下、相同的掃描質量范圍內可采集到的數據點較少，因此它的定量精度比串級四極桿要差。這就是在定量測定為主的工作中優先考慮采用串級四極桿質譜的原因。