液相色譜質譜聯用技術應用于遺傳病的生化篩選
通過液相色譜與質譜聯用LC-MS技術分析新生兒的血液樣本，檢測代謝紊亂。目前，二級LC-MS檢測已用于確認新生兒篩查中的一級免疫檢測結果。
液相色譜質譜聯用技術應用于藥物成分分析
液相質譜聯用技術廣泛用于藥物成分的測定，特別是光學活性藥物的分離。藥物代謝產物具有化學或熱不穩定性，其檢測、分離和純化一般也用液相色譜質譜聯用技術LC-MS。研究人員還利用液相質譜聯用技術對天然產物（如復合脂質、生物堿和不飽和脂肪酸）粗混合物中的組分進行分離和表征。
