HPLC-MS除了可以分析 氣相色譜-質譜（GC-MS）所不能分析的強 極性、難揮發、熱不穩定性的化合物之外，還具有以下幾個方面的優點：
①分析范圍廣，MS幾乎可以檢測所有的化合物，比較容易地解決了分析熱不穩定化合物的難題；
②分離能力強，即使被分析混合物在色譜上沒有完全分離開，但通過MS的特征離子 質量色譜圖也能分別給出它們各自的 色譜圖來進行定性定量；
③ 定性分析結果可靠，可以同時給出每一個組分的分子量和豐富的結構信息；
④ 檢測限低，MS具備高靈敏度，通過選擇離子檢測（SIM）方式，其檢測能力還可以提高一個 數量級以上；
⑤分析時間快，HPLC-MS使用的 液相色譜柱為窄徑柱，縮短了分析時間，提高了分離效果；
⑥自動化程度高，HPLC-MS具有高度的自動化。