本病需與垂體腺瘤，細菌性垂體炎，垂體增生，Sheehan綜合征等相鑒別。
1.垂體腺瘤： 分泌性垂體腺瘤多有某種腺垂體激素過多的表現，借此可與本病鑒別，分泌性垂體腺瘤中的PRL瘤易與本病混淆，但PRL瘤病人血PRL升高較本病更為明顯，無功能垂體腺瘤無垂體激素過多的癥狀(PRL可輕至中度升高)，表現為腺垂體功能減退，與本病很相似，但無功能垂體腺瘤的占位癥狀(頭痛，視力減退，視野缺損等)較本病常見且顯著，此外，無功能垂體腺瘤引起的腺垂體功能減退以促性腺激素減少最先出現且最為常見，ACTH和TSH減少出現較晚且較少見；淋巴細胞性垂體炎引起的垂體功能減退則以ACTH和TSH減少較先出現，且最為常見，促性腺激素減少出現較晚，且相對少見一些，影像學檢查對垂體腺瘤和本病的鑒別有很大價值：在CT和MRI上，垂體腺瘤病人垂體為局灶性增大，本病則為彌漫性，均質性增大；垂體腺瘤可有蝶鞍骨質的破壞，本病一般沒有。
2.細菌性垂體炎： 細菌性垂體炎極為罕見，為垂體的急性化膿性感染，多因細菌性腦膜炎擴散所致(極少因敗血癥播散而引起)，細菌性垂體炎急性起病，病前多有化膿性腦膜炎的病史，發熱等全身癥狀明顯，血象升高，借此可與淋巴細胞性腺垂體炎鑒別。
3.垂體增生： 垂體增生與淋巴細胞性腺垂體炎在影像學上幾乎無法鑒別， 二者的臨床表現不同，生理性垂體增生(如妊娠期的垂體增生)沒有任何臨床癥狀，實驗室檢查亦無腺垂體功能減退的證據，惟血PRL水平可輕度升高；病理性垂體增生多有某種腺垂體激素增多的表現，如能獲取垂體組織作病理學檢查，則可做決定性的鑒別。
4.Sheehan綜合征： 本病好發于產后，且常有腺垂體功能減退的表現，應與Sheehan綜合征鑒別，但Sheehan綜合征病人多有產時或產后大出血史，垂體影像學檢查可見垂體萎縮，無頭痛，視野缺損，視力受損等表現。
5.壞死性漏斗垂體炎(necrotic infundibulohypophysitis)： 壞死性漏斗垂體炎為罕見疾病，以中樞性尿崩癥為主要表現，壞死性漏斗垂體炎如累及腺垂體其表現酷似淋巴細胞性垂體炎，一般需借助組織學檢查方能與淋巴細胞性垂體炎鑒別，垂體影像學檢查對鑒別診斷亦有意義：壞死性漏斗垂體炎多有垂體柄增粗，而淋巴細胞性垂體炎垂體柄增粗較少見。