（2）PCR引物的設計
由于淋球菌隱蔽質粒CPPB基因在淋球菌染色體中和4.2kb隱蔽質粒中都有存在，同時在96%的淋球菌中都有該隱蔽質粒，因此很多PCR引物設計在CPPB基因區。
靶基因 引物序列 片段長度（bp）
CPPB NG1 5′GTT TGG CTG GTT GAT TCA AG 3′ 633
NG2 5′GCA AGA TTT CCG ATTT GGC G 3′
CPPB HO1 5′GCT ACG CAT ACC CGC GTT GC 3′ 390
HO2 5′CGA AGA CCT TCG AGC AGA CA 3′
rRNA 引物1 5′-AGG CTG TTG CCA ATA TCG GC-3′ 206
引物2 5′-ACA CTC GAG TCA CCC AGT TC-3′
CPPB GC1 5′CTT ATC GTT TGG CTG GTT GAT TC 3′ 435
GC2 5′ACC AAG ACC AAA GGT TTG ACA CTG 3′
GC3 5′ATT TTC CAG TGT CAA AC 3′ 241
GC4 5′TAT TCA AGC CCT ATC TG 3′
（3）PCR擴增
取淋球菌DNA提取液2μl，加入28μl的反應液中，最終PCR反應液中含dNTP各100μmol/L，引物各0.5μmol/L，TaqDNA聚合酶1U，Mg2+ 1.5mmol/L，加無菌石蠟油30μl，1000r/min離心30s，進行PCR擴增循環，反應條件：94℃變性1min，然后94℃ 30s，57℃1min，72℃1min。共30個循環，最后72℃延伸5min。
擴增產物于2%的瓊脂糖凝膠電泳30min，溴化乙錠染色，紫外燈下可見擴增的DNA熒光條帶，分子大小應與所用引物擴增靶序列的大小一致。
（4）PCR的靈敏性和特異性
由于CPPB在不含有隱蔽質粒的淋球菌染色體上也會含有CPPB基因，再加96%的淋球菌都會有隱蔽質粒，因此用CPPB作為靶序列的引物具有極高的敏靈性，實驗證明，一般傳統一步PCR（GC1-GC2）方法可以檢出3個淋球菌，而用單管巢式PCR（GC2-GC4）可以檢出≤0.3淋球菌（9個CPPB基因）。這些引物經特異性實驗，只能擴增淋球菌的DNA，而對非淋球菌奈瑟氏菌擴增不出特異產物。
（5）單管巢式PCR方法
是在傳統巢式PCR的基礎上將兩對PCR引物作特殊的設計，巢式外側兩個引物（GC1，GC2）為25b退火溫度比較高（68℃），巢式內側兩個引物GC3-GC4為17b退火溫度較低（46℃），PCR反應液的其它成分與一般PCR相同。這樣，通過控制退火溫度（68℃）使外側引物先行擴增，經過20-30次循環后（第一次PCR），再降低退火溫度（46℃）使內側引物以第一次PCR產物為模板進行巢式擴增，該PCR的靈敏度可達到檢出0.3個淋球菌。