PPNG菌株是1976年首次在實驗室分離得到的，該菌中含有編碼產青毒酶的基因，該基因既可整合于染色體上也可出現在質粒DNA中，而后者居多，稱之為產青毒素酶質粒，質粒有二種，大小分別為7.4kb和5.3kb。Pescador1998年設計一特異的檢測淋球菌編碼β-內酰胺酶基因的探針，采用酶化學發光法標記，液相雜交，用測光計測是特異雜交體的光量。在4h內可檢測104-105CFU的PPNG菌株。TRNG菌株雖對四環素耐藥，但通常對β-內酰胺酶類及喹諾酮類抗菌素敏感。因此，在實驗室藥敏檢測中可歸為敏感細菌。Pescador用抗四環素淋球菌(TRNG)tetm基因的寡核苷酸探針，該基因介導抗四環素,用酶化學發光標記,液相雜交,4h內可直接從臨床標本中檢出含有tetm基因的1.5×104CFu的淋球菌。
（2）染色體探針
染色體探針包括已知功能的基因探針，如菌毛DNA探針和paI基因探針，這些基因在淋球菌感染人細胞的過程中起著重要作用；未知功能的基因探針，這些探針序列與染色體的特定序列互補，但目前還不知這些基因序列的功能。以上兩種染色體探針由于在淋球菌中互補序列的拷貝數較低，檢測靈敏度較低，因此一般用的不多，除非有特殊的研究目的。
（3）rRNA基因探針
rRNA基因探針是將與rRNA互補的DNA作為探針，該探針的靶序列是rRNA序列。rRNA的基因探針的特點是：①可以增加探針檢測的靈敏度，rRNA基因探針可同時檢測rRNA分子和DNA分子；②rRNA具有進化上的保守性；③雜交方法簡便、快速；④由于rRNA的含量較高，標本不需增菌。美國Gen-Probe公司生產的淋球菌檢測探針PACE C，是以rRNA 及其基因為檢測靶序列，采用放射性標記，在2h內可以完成檢測，Peter用這種探針檢測395個臨床標本，結果靈敏度和特異性分別為92.9%，99.4%，他認為PACE C系統篩查臨床標本中淋球菌是一個可靠的方法。該探針還可以檢測無癥狀淋球菌感染者，這是目前培養難于達到的。
2、淋球菌的基因擴增檢測
上面講述的探針技術檢測淋球菌的方法，雖然比培養方法在靈敏度，特異性和方便性上有了很大的提高，但其仍有一定的局限性，如多數情況下需要標本的淋球菌濃度很高，PCR技術和連接酶鏈反應的出現進一步提高了檢測淋球菌的靈敏性，它具有快速、靈敏、特異、簡便的優點，可以直接檢測臨床標本中極微量的病原體。
（1）淋球菌DNA的提取
①培養菌的DNA提取
將培養得到的淋球菌，以102cfu/ml的濃度溶于堿性裂解液中裂解，裂解液組成為：1M NaCl 1M NaOH和1%Sodium dodecyl sulphate。將裂解液混勻后煮沸1min，然后用100μl 的1M Tris pH7.0中和堿性裂解液。用Tris平衡酚提抽一次，酚—氯仿抽提一次，然后用無水乙醇或異丙醇沉淀DNA，提取的DNA溶于30μl蒸餾水或TE緩沖液中。
②臨床棉拭子標本的提取
將貼有分泌物的棉拭子在2ml的無菌生理鹽水中或PBS緩沖液中擠壓洗1min，以便將標本盡量溶于溶液中，將棉拭子棄去，懸浮液于2-3000r/min離心5min，吸去上清液，細胞重新溶于100μl 1×PCR緩沖液，其中含Tween 20 0.45%，蛋白酶K 200μg/ml，細胞懸浮液于50-60℃溫浴1h，然后95℃加熱10min以滅活蛋白酶K，12000 r/min離心10min，上清液含DNA模板。