1.阿米巴肝膿腫
是阿米巴痢疾最常見的并發癥，系阿米巴原蟲侵入腸壁的小靜脈并隨門脈血流到達肝內所致。膿腫一般為單發性，大小不一，且多位于肝右葉。膿腫腔內為被溶解液化的壞死組織和陳舊性血液混合而成的果醬樣物質，炎癥反應不明顯。膿腫壁上附有尚未完全液化壞死的結締組織、血管和膽導管等，呈破絮狀外觀。肝膿腫大多發生于阿米巴痢疾發病后1～3個月內，但也可發生于痢疾癥狀消失數年之后。臨床上，阿米巴性肝膿腫常表現為長期發熱伴有右上腹痛及肝腫大和壓痛，全身消耗等癥狀。
2.阿米巴性肺膿腫
多直接由肝膿腫蔓延而來，常位于右肺下葉，為單發性。
3.阿米巴性腦膿腫
偶可發生，系阿米巴滋養體由血道進入腦而引起，常為多發性。
4.極少數情況下
肝膿腫可穿入心包、穿破腹壁。腸道阿米巴也可進入肛周、陰道、尿道等引起相應部位的膿腫或炎癥。常見并發癥有腸炎、阿米巴腫、阿米巴性闌尾炎等。