醫學領域
可作為一種具有殺菌作用的天然抗感染物質。有抗菌、抗病毒、止血、消腫止痛及加快組織恢復功能等作用。溶菌酶含片用于急慢性咽炎、口腔潰瘍等。
副作用
偶有較輕的過敏反應、皮疹等。
食品領域
它對革蘭氏陽性菌、喜氧性孢子形成菌、枯草桿菌、地衣型芽孢桿菌等都有抗菌作用，而對沒有細胞壁的人體細胞不會產生不利影響。因此，適合于各種食品的防腐。另外，該酶還能殺死腸道腐敗球菌，增加腸道抗感染力，同時還能促進嬰兒腸道雙歧乳酸桿菌增殖，促進乳酪蛋白凝乳利于消化，所以又是嬰兒食品、飲料的良好添加劑。
生物工程領域
溶菌酶專性水解細菌細胞壁的特點，有助于了解細菌細胞壁的構造：將細胞壁分解后制備成的原生質體，可用于微生物分類以及微生物育種等學術研究。近年來，溶菌酶已成為細胞工程和基因工程必不可少的工具酶，用來提取和制造酶、核酸和活性多肽等。