溶酶體涉及一組遺傳缺陷，或被稱為溶酶體貯積癥的突變，這是由一種酶的功能障礙引起的先天性代謝缺陷。新生兒的發病率估計為五千分之一，真實數字預計會更高，因為許多病例可能未被診斷或誤診。這種疾病的主要原因是缺乏酸性水解酶。其他情況是由于溶酶體膜蛋白的缺陷，不能運輸酶，非酶可溶性溶酶體蛋白。這種疾病的最初影響是內體-自噬-溶酶體系統內特定大分子或單體化合物的積累。[25] 這導致異常的信號通路、鈣穩態、脂質生物合成和降解以及胞內運輸，最終導致致病性疾病。受影響最大的器官是大腦、內臟、骨骼和軟骨。
沒有直接的藥物治療來治愈LSD。最常見的LSD是高雪氏病，這是由于葡糖腦苷脂酶缺乏引起的。因此，導致酶底物——脂肪酸葡糖神經酰胺——積累（特別是在白細胞中），這反過來影響脾、肝、腎、肺、腦和骨髓。這種疾病的特點是瘀傷、疲勞、貧血、血小板減少、骨質疏松和肝脾腫大。截至2017年，酶替代療法可用于治療50-60種已知LDS中的8種。
溶酶體貯積癥中最嚴重也是最少發現的是包涵體細胞病。
異染性腦白質營養不良是另一種溶酶體貯積癥，也會影響鞘脂代謝。