溶酶體呈圓形或卵圓形，大小不一，直徑多數為0.2~0.8μm，小的只有0.05μm，大的可達數微米。它由厚7~10nm的單位膜包圍，內含60余種酸性水解酶，包括蛋白酶、核酸酶、糖苷酶、脂酶、磷酸酶和硫酸酯酶等，但是通常不能在同一溶酶體內找到所有的酶不同類型細胞溶酶體所含酶的種類和數量也不同。
溶酶體水解酶的最適pH為3.5~5.5，溶酶體內的酸性環境是依靠膜上的特殊轉運蛋白(H泵)來維持的 。
