溶酶體作為胞吞作用的終點,也是防止病原體在降解前到達細胞質的保障。病原體經常劫持胞吞途徑,如胞飲作用,以便進入細胞。溶酶體通過水解病原體復制策略所需的生物分子來防止其輕易進入細胞;溶酶體活性降低會導致病毒感染性增加,包括艾滋病毒。 此外,AB5毒素如霍亂劫持了胞內體途徑,同時避免了被溶酶體降解。