澳大利亞蛋白質組學專家HUPO2010大會談TripleTOF5600使用體會

　　來自：Adam Bonislawski

　　被采訪者：Mark Molloy

　　職位：澳大利亞蛋白質組學分析實驗室主管；麥考瑞大學副教授

　　背景：麥考瑞大學生物化學博士；默克蛋白質組學發現資深科學家

　　Mark Molloy博士是澳大利亞蛋白質組學分析實驗室主管，麥考瑞大學副教授。作為蛋白質組學的發源地，APAF為澳大利亞及全球的客戶提供蛋白質組學研究服務，主要集中于差異蛋白質表達分析。

　　日前，APAF購買了一臺AB Sciex TripleTOF 5600質譜儀，使Molloy博士成為TripleTOF 5600自5月份美國質譜年會（05/28/2010）發布以來使用該儀器的科研人員之一。

　　本周Molloy博士將參加在悉尼舉辦的人類蛋白質組學年會。Molloy博士和ProteoMonitor談起自己對今年HUPO大會的感受和他的實驗室使用TripleTOF 5600進行的初步工作。

　　以下為本次采訪內容。

　　Q：系統生物學研究所和瑞士聯邦技術研究所在本周HUPO會議上宣布，他們已經完成了建立人類蛋白質組質譜圖第一階段的工作。這對蛋白質組學研究的重要意義是什么？

　　A：是的，他們宣稱他們已經獲得了99%以上的人類蛋白質組信息。 Ruedi Aebersold（ISB共同創始人，ETH系統生物學教授）也說他們得到了人類蛋白質組中的五肽蛋白質。這對于建立人類蛋白質組對照表單的SRM實驗和挑選任意五肽蛋白質是很有意義的。目前在疾病狀態、正常狀態真實體系中開始查找這些肽，觀察他們如何與現實相關的工作還沒有開始進行。修飾肽的效果如何也還沒有考慮，但我們知道那是很常見的，在分析實際樣品時會經常發生的事情。他們所研究的肽并不能說明額外的修飾，這些他們也明白，我認為那將是下一階段要嘗試的部分工作。

　　Q：這個圖譜可以適用于合成肽么？

　　A：可以的。所以他們正在編制用來尋找肽的離子群的目錄。在實驗中，這些蛋白質是沒有其他任何附假的未修飾蛋白，如果真的可以那將是很偉大的事情。那些都是符合的，但是一旦在肽上插入一個磷酸，所有的事情就被改變了。

　　Q：可以認為像磷酸化這樣的翻譯后修飾對了解疾病狀態是至關重要的么？

　　A：是的，一般來說，我認為對HUPO和整個社會都可以這么說。我們已經做的人類蛋白質組中的每一個蛋白實驗，“那”就是一個成就。我們是否可以檢測實際樣品的則是另一回事。我認為我們正在向此靠近。

　　A：這只是開始，理論上使用這些圖譜，我們可以研究任何在生物系統中重要的感興趣的蛋白質。舉例來說，如果你想知道感興趣的某些細胞的p53發生了什么，你現在一看表，告訴你如何獲取感興趣的蛋白質的質譜數據。當然，這并不意味著你會檢測它，因為并不知道表達水平。但我想這就是實驗目的。還有可能污染的信號的背景干擾離子是什么？所有的將在實際樣品進行評估。他們所做的應該提供一個較短的路徑讓我們至少測試這些假設。

　　Q：HUPO大會上還有其他報告讓您特別感興趣么？

　　A：有很多干細胞蛋白質組研究疾病狀態的報告很不錯。這些工作我在HUPO其他干細胞蛋白質組會議中沒有看到過，這就像比較分析的一個深度挖掘質譜方法一樣。過去我沒有看到過更多干細胞以及這個層次的研究。

　　瑞典Lund大學Carl Borrebaeck關于用抗體芯片作為生物標記物靶板的候選物有一個很好的演講，其敏感性和特異性相當令人印象深刻。

　　Q：抗體陣列中需要改良抗體標準一直是蛋白質組學中的一個問題。在這方面的討論是什么？

　　A：Mathias Uhlen在他的人類蛋白質圖集中提出了一個新的概念，他正在創造多克隆抗體，也開始做了一些單克隆的。我不記得確切的數字[目前Atlas公司有超過11,000條抗體信息]，但該網站提供不同來源的不同抗體相應的特異性數據——這些抗體是供應商提供的或研究者提供的。因此，我認為，人們真的將有機會看到他們正在使用的抗體的特征。

　　Q：關于人類蛋白質組計劃，去年的HUPO會議上就討論了該項目是采取基因為中心的方法還是樣品為中心的方法。你認為在這個問題上人們傾向于哪種方式呢？

　　A：個別發言者已經就這個采取什么方式提出他們的觀點。從我參加的會議來看，它似乎是一個基因為中心的方法，可能會按照這一方式繼續研究，而不是蛋白質研究的方法，發言者爭論提出的論據是，至少這樣做，我們對開始和結束會有一個基本要求。從而可以衡量進展情況。有可能還有其他特性，但是這是一個很好的了，在這里我們可以說，“好吧，當我們研究了23條染色體的所有基因，我們已經開始這個項目，我們也可以完成這個項目。”

　　Q：使用基于樣品的方法，理論上是不是可以在課題中一直增加不同來源的樣品呢？

　　A：是的，我猜測除了基因為核心的方法，有些研究小組已經開始做樣品為導向的工作流程了。

　　Q：您的實驗室最近購買了一臺AB Sciex 5600 TripleTOF質譜儀，您對使用該儀器最大的感受是什么？

　　A：我使用的主要工作流程之一就是iTRAQ方法。我對這臺儀器上使用iTRAQ工作流很感興趣。我們所做的演示數據看起來令人印象深刻。當然，我們可以采集到比我們目前儀器所做的更多的肽。和我們實驗室已有的其他Q  -TOF儀器相比，5600 TripleTOF可以增加30%到40％的肽的數量。

　　我們對非標記定量方法也有興趣，該方法可以追溯、提取已知肽序列相關的離子。最近我們沒有做這項工作，但是從看到的情況來說，這也是可能的。所以它將成為我們一個新的工作流程。我們對磷酸修飾肽特別感興趣。這使我們能夠使用非標記方式進行時間進程的實驗。儀器進行磷酸修飾肽并沒有什么不同之處，但是它意味著我們可以通過比較收集到更多更深層次的信息，并且挖掘這些信息，從中提取出定量結果。

　　我們有一個直腸癌的重要計劃，我們對療效響應的預后指標和預測指標很有興趣。所以我們將會做相當多的大量使用該數據集的樣本進行比較。

　　英文原文鏈接：http://2429-genomeweb.voxcdn.com/proteomics/qa-apafs-mark-molloy-hupo-2010-and-using-ab-sciexs-new-tripletof-5600?page=2