共聚焦及雙光子在現代生物學研究中有如下應用：
多色熒光成像(Multi-color imaging)，具有多磁道和雙向掃描，曲線掃描等特性。
三維重構（Three dimentional reconstruction）及定量分析。
實時成像（Time series,real time imaging），可進行活細胞跟蹤。
離子成像（Ion imaging）/比率成像（Ratio imaging），可進行Ca2+,Mg2+,H+,Na+,K+,Zn2+,Ni2+,Fe2+,Hg2+,Pb2+及Cd2+等成像。
熒光原位雜交（FISH:fluorescence in situ hybridization）；
熒光漂白恢復（FRAP：fluorescence recovery after photobleaching）；
熒光共振能量轉移（FRETM:fluorescence resonance energy transfer；
光生命期成像顯微術（FLIM:fluorescence lifetime imaging microscopy）。
熒光相關光譜（FCS:fluorescence correlation spectroscopy）。