在滅菌鍋內，熱的蒸汽不能直接到達的地方就是滅菌的死角，主要有菌袋之間的擠壓、菌袋或瓶與外界不通氣和鍋內設計上的死角。
（1）菌袋之間如發生擠壓，其擠壓部位的透氣性降低，滅菌效果受到影響，為了防止擠壓現象的發生，大的滅菌鍋內應設有用來分層的架子或先將菌袋放在筐內，并且保持菌袋的高度要略比筐矮，防止擠壓，然后再將裝有菌袋的筐，擺到滅菌鍋里。
（2）菌袋或菌瓶上要有內外通氣的結構設計，如棉塞、無棉蓋、濾膜、沒有徹底扎死的袋口等，保證蒸汽的進入和冷空氣的外出，保證滅菌效果的內外一致性。
（3）要保證蒸汽從菌袋的下方均勻向上，要留有蒸汽從滅菌物下方向四周擴散的空間。