靈芝孢子的化學成分可分為以下幾類：蛋白質和氨基酸類、糖肽類、維生素類、胡蘿卜素、甾醇類、三萜類、生物堿類、脂肪酸類、內酯和無機離子等。靈芝孢予蛋白質含量達18%,其中異亮氨酸、亮氨酸賴氨酸、纈氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸等機體必需氨基酸的含量非常豐富,均離達10 g/kg。維生素類主要是維生素E（VE）,在每100 g孢子中,VE含量超過60mg,另外也含有少量的維生素C。靈芝孢子中富含多糖和寡糖,其中二糖、三糖、四糖的含量分別是1. 94、1.67和2.5 mg/g。固醇類有麥角甾-7,22-乙烯-3β醇(ergosta-7,22-diene-3-ol)和β-谷甾醇。從赤芝孢子粉的酸性提取物中還分離得到了一些三萜類化合物,它們是赤芝孢子酸A、B、C、E(ganosporeic acid A、B、C、E)和ganodenn anon-Trol。并且不斷在靈芝孢子中發現新的三萜類物質,這些物質具有良好的生物活性。靈芝孢子中的脂肪酸類有二十四烷酸、硬脂酸、棕櫚酸、二十二烷酸等。其內酯類屬五環三萜內脂,有赤芝孢子內酯A和B。生物堿類有膽堿、甜菜堿和硫組氨酸甲基內胺鹽。無機元素有鈣、磷、鐵、鎂、鈉、鋅、鍺硒等,其中有機鍺與人類的健康和疾病的防治有密切關系。