靈芝提取物的副作用主要包括胃腸道不適、過敏反應和可能的鼻出血。具體來說：
胃腸道不適：包括反酸、胃部脹滿、腹脹、大便干燥、口干舌燥、口苦、口唇起皰等。這些癥狀通常比較輕微，多數情況下可自行消退。
過敏反應：在應用靈芝注射劑型時較為常見，可能出現蕁麻疹、心慌氣短、胸悶、喉頭水腫、呼吸困難、腹痛、胃痛、嘔吐等癥狀。嚴重時可能出現過敏性休克。
鼻出血：雖然不常見，但有個別病例報告服用靈芝后出現鼻出血的情況。
此外，過敏體質的人應避免使用靈芝提取物，以免引起過敏反應。而且，手術前后一周內不宜服用靈芝，以及大出血的病人也不適宜服用，以免影響身體恢復。