炎癥性腸道疾病的腸道病變一般用糖皮質激素或柳氮磺胺吡啶治療，嚴重者可選用甲氨蝶呤、硫唑嘌呤、環磷酰胺、苯丁酸氮芥、環孢素、麥考酚酸酯、抗腫瘤壞死因子抗體或可溶性腫瘤壞死因子受體等治療。由于腸道病變引起的吸收障礙，患者可出現貧血、電解質紊亂、營養障礙，在治療中應注意糾正。對于嚴重而又頑固的腸道病變，可考慮手術切除受累的腸管。
關節炎通常用糖皮質激素和非甾體消炎藥治療，切除病變的腸管對關節炎也有緩解作用，中醫中藥對關節炎也有較好的治療作用。
