患者病程持續時間一般為4～6周以上。
（1）腹痛80%～90%患者有腹痛，早期與輕型者有腹部不適與脹痛，可由粗糙食物誘發，伴腸鳴音增多。腸腔狹窄引起不全腸梗阻時，有腸絞痛、腸脹氣與腸型。病變累及幽門、十二指腸及胃部者，腹痛酷似消化性潰瘍。回結腸炎的腹痛可經排便和排氣獲得緩解。后期有腹腔內膿腫與瘺管形成，腹痛呈持續性，多局限在右下腹或病變所在處，伴明顯壓痛。
（2）腹瀉85%～90%的患者可有腹瀉，開始為糊樣便，2～3次/日，可自行緩解。每因飲食不當而誘發。重癥或晚期加重，便次增多，可見少量黏液，伴腹部陣痛，頑固難愈。病變累及結腸者出現黏液便或膿血便，肛門直腸受累者常有里急后重。小腸病變廣泛者因吸收不良而有泡沫狀惡臭的脂肪瀉。
（3）腹部包塊約1/3的患者可捫及包塊，多位于左下腹，可在臍周和下腹，有時經直腸、陰道檢查時發現。腹塊由增厚的腸袢、腹腔內粘連、腫大的淋巴結與瘺管、膿腫等引起，包塊質地中等、較固定，伴壓痛。