在各行各業中，為了更深層次的研究相關的內容，在實驗室中需要進行大量的實驗，而熱循環儀作為實驗室中常規的實驗儀器，其應用頻率非常廣泛，因此也需要經常對其進行清洗，而熱循環儀的清洗主要是針對于樣品池、熱蓋和儀器外表面，因此下面就這三個部分，來分別介紹一下其清洗的方法。
1.樣品池的清洗方法
先打開蓋子，然后用95%乙醇或10%清洗液浸泡樣品池5min，然后清洗被污染的孔；用微量移液器吸取液體，用棉簽吸干剩余液體；打開熱循環儀，設定保持溫度為50℃的PCR程序并使之運行，讓殘余液體揮發去除。一般5～10min即可。
2.熱蓋的清洗方法
對于熒光定量PCR儀，當有熒光污染出現，而且這一污染并非來自樣品池時，或當有污染或殘跡物影響到熱蓋的松緊時，需要用壓縮空氣或純水清洗墊蓋底面，確保樣品池的孔干凈，無污物阻擋光路。
3.儀器外表面的清洗方法
清洗儀器的外表面可以除去灰塵和油脂，但達不到消毒的效果。選擇沒有腐蝕性的清洗劑對熱循環儀的外表面進行清洗。
作為一款儀器設備，為了避免污染，清洗是必須要做的，按照正確的方式進行清洗，有助于提高實驗的精度，保證實驗結果的準確性。而且熱循環儀所涉及的行業眾多，涉及的領域包括分子生物學、醫學、食品工業、司法科學、生物技術、環境科學、微生物學、臨床診斷、流行病學、遺傳學、基因芯片、基因檢測、基因克隆、基因表達等，因此做好熱循環儀的清洗工作，是其中非常關鍵的一步。