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  • 發布時間:2019-04-11 15:44 原文鏈接: 父子關系的分子分析實驗——PCR分析多態位點實驗

    實驗材料

    待檢個體的全血樣本

    試劑、試劑盒

    細胞休克溶液核裂解緩沖液SDS蛋白酶 K飽和NaCl溶液乙醇TE 緩沖液微型瓊脂糖凝膠標準 DNA 濃度溶液溴化乙錠

    儀器、耗材

    Vacutainer 管孵育儀

    實驗步驟

    盡管基于 Southern 的 RFLP 檢測是一種很有效的、近乎藝術級的確定生物學關系的手段,但 PCR 技術在常規的父子關系的檢測中越來越常用。商業化的用于多態區間擴增的試劑盒包含了使用生產商預制的酶溶液、各種緩沖液和引物的方案,以及它們對 DNA 濃度、時間和 PCR 擴增循環次數的建議;然而需要特別指出的是不同位點的擴增可能需要對一般的擴增條件做一定的修訂,這由進行此項工作的實驗室自行決定。PCR 分析的所有方案以 gDNA 開始,因此,如果 RFLP 分析要與 PCR—同進行的話,在進行限制性酶切之前(基本方案 1,第 1 步)需要把起始生物學樣品各自分開,備 PCR 分析用的樣品留待擴增使用。

    表 9.6.2 為通過 RFLP 與 PCR 方法進行父子關系檢測的比較。

    ASO 探針

    最常用的基于 ASO 的系統是已商業化的 AmpliType PM + DQAl PCR Amplification and Typing 試劑盒,其包含所有的實驗指導,以及擴增和分型 6 個獨立位點需要的反應組分(表 9.6.3)。

    序列特異性探針條帶在父子關系檢測中并不常使用,主要在于其相對低的排除率及購買試劑盒費用較高。但其在法醫學個體確認中仍然有用,此時需要匹配整個遺傳物質的遺傳方式而不是單個等位基因,得到的是不同的統計學數據。對 3 個不同個體以及陰性、陽性對照個體的多位點標記物分析的結果如表 9.6.4 所示。

    擴增片段長度多態性(amplified fragment length polymorphism,AmpFLP)

    特定的引物與每個待檢個體的非消化 gDNA 特異結合擴增,根據其中重復片段的大小不同可將 AmpFLP 分為兩類。長串聯重復片段(longt and omrepeat,LTR) 和短串聯重復片段(Shortt and omrepeats,STR) 都有可變數目的重復片段,均可通過 PCR 進行分析。

    長串聯重復

    LTR 的重復片段大小在 10?80bp,其等位基因大小在 300~1000bp,雜合度在 95% 左右。

    短串聯重復

    在個體確認的檢測中所用的 STR 大多是 4bp 的重復單位,等位基因大小在 100~350bp,雜合度一般在 65%?85%。表 9.6.5 列出了一些常用的 STR。更多此類位點的信息可以訪問:http://www.promega.com/tbs/tmd008/tmd008.html。

    電泳和檢測

    手動系統

    在手動系統中,盡管有一些高分辨率的瓊脂糖凝膠可用,但 PCR 產物最常用聚丙婦酰胺凝膠電泳,如 MetaPhor 和 NuSieve(FMCBioProducts)。準確的條件取決于要分離產物的大小和給定的溶液條件(如附錄 3F、CPMB 單元 2.5A 或 Sambrook^a/.,1989)0 半自動系統

    LTR 和 STR 的 PCR 產物也可通過半自動系統進行分離、檢測和分析。該系統包括基于凝膠的、整合電泳、檢測和分析于一個功能單元(PCR 片段必須是熒光標記的)和熒光顯像系統。

    自動系統

    在著此書時,用于 LTR 和 STR 分析的唯一完全自動的系統就是通過毛細管電泳 (capillary electrophoresis,CE)。正如其名稱所暗示的,電泳是在毛細管而不是在玻璃板之間進行。CE 的缺點在于目前只有單毛細管系統可用,所以一次只能進行一個樣品的分析。盡管如此,因為 CE 可在一個比常規高出許多的電壓下進行,其可在 20 min 左右的時間內完成片段的分離,這可以彌補其通量有限的缺點。

    支持方案1 全血 gDNA 的制備

    支持方案2 母親及聲稱父親的 DNA 圖譜數據的闡述、統計學估算和報告


    支持方案3 特殊父權關系個案的 DNA 圖譜的闡述、統計學估算和報告


    <img src=”http://img.dxycdn.com/trademd/upload/userfiles/image/2016/08/B1470039207068k2th4fwjuepng_small.jpg“ _cke_saved_src=”http://img.dxycdn.com/trademd/upload/userfiles/image/2016/08/B1470039207068k2th4fwjuepng_small.jpg“ style=”width: 446px; height: 620px;” alt=”檢測聲稱父源祖父母 祖父母與孩子共有的肯定的父源等位基因數目(obligate paternal alleles, O P A ) 可 與 R I 值整合,簡化為公式: RI= 祖父母的O P A 數值/4g。 檢測聲稱父源祖父母之一 此類型的檢測只能通過上述的計數聲稱祖父( 母)的可能O P A (0、 1 或 2),再加 上 ^ 。有必要考慮未檢測的聲稱祖父( 母)具有相同O P A 的可能。因此數字化的結果 要再除以4。如果檢測的聲稱祖父( 母)為雜合子并具有0 P A ,則公式為R I= l/2 + 1 / 2 ^ 如果檢測的聲稱祖父( 母)不具有〇 P A ,則公式為RI= O.5。 檢測聲稱父親的所有同胞 通過檢測一定數量聲稱父親所有同胞可以重建聲稱祖父母的基因型。當檢測一個同 胞時,四個祖父母的等位基因只確定了兩個。如果這個同胞是純合子并與孩子有相同的 等位基因,則關系方程式為RI= l/ 2 + l/2g。如果聲稱父親的同胞是雜合子,與孩子有 相同的0 P A ,則 RI= l/ 2 + l/切。如果孩子與聲稱父親的同胞沒有共同的特征性片段, 則關系指數為0. 5。 孿生子分型 根 據 Brenner (1997),當雙毛子為雜合時用來評估遺傳學證據的公式為RI=(l + p + q+ 2 pq)/4, p 和 q 為總覽中兩條條帶的頻率。如果同一總覽與一條條帶的頻率是純 合的公式變為R I=(l + q)2/4。 如何確定具有親屬關系的待確認父親的親子關系 如果待確定父親不能被確定為生物學父親,并且很可能待確認父親的某個近親也有 可能是孩子的父親,則該親屬也應被檢測。如果無法檢測該父親,可以使用下列等式來 確定該未檢親屬與這名孩子的親子關系的可能性。 如果這名孩子帶有一個與其待確認父親相同的等位基因,且該父親是個雜合體,那 么遺傳學上,該待確認父親比其兄弟、父親、兒子更可能成為這名孩子的父親的概率是 RI= 2 / ( l+2

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