凝膠電泳
這是分離高分子量DNA的一種電泳技術，使DNA分子處在兩個相互垂直、交替更換的電場中移動，把分子量不同的DNA片段分開，可分辨50kb至200kb的DNA分子。
YAC克隆
YAC是由質粒pBR322、酵母的著絲粒、四膜蟲rDNA的端粒、酵母的自主復制序列（ARS）以及一些選擇標記基因構成。呈環狀結構時，可以質粒方式在原核細胞中增殖復制。切成線狀結構后，可連同插入的外源DNA，如染色體一樣地在酵母細胞中復制、分配給子細胞。YAC作為載體，克隆的外源DNA平均300kb，最長的可達100Okb，穩定地傳遞給子細胞。設計構建YAC時，在原核生物的復制起點〔Ori）上游安排一個限制酶切位點（如XhoI），當YAC載 有外源DNA后，只需用Xhol酶切，則靠近克隆位點的外源DNA上的XhoI切點，可與YAC的XhoI切點互補結合呈環狀，按質粒進行復制和被回收。這種技術稱為質粒獲救。用這種方法可把外源DNA的末端分離出來，作為釣取與其鄰接的、具有共同末端序列亦即重疊序列的另一DNA片段的探針。實際上這也就是染色體步移的操作。
PCR
PCR（多聚酶鏈反應）體外擴增DNA的技術，在生物學、醫學等基礎研究和臨床診斷上有極其廣泛的用途。在構建基因組物理圖時，主要用于驗證STS。
原位雜交
傳統的以同位素標記探針作原位雜交，曝光后的顆粒較粗，定位不易精確。正在研究以熒光染料代替同位素，提高定位的精確度。
細胞分析
這是利用體細胞遺傳學的方法構建高分辨的染色體圖的技術。人-鼠雜種細胞接受射線輻照后，染色體斷裂，篩選出保留缺失程度不同的人染色體的雜種細胞，可用于構建大尺度染色體物理圖。