原核生物 DNA分子上缺乏天然的容易識別的標記，可用限制圖譜和部分變性圖的測定來彌補這一不足。
各種限制性核酸內切酶具有各自的識別順序。這些識別順序可以作為DNA部位的標記，用不同的限制酶處理同一DNA分子，通過對酶切產生的DNA片段的大小和位置的分析，可以繪制出某一 DNA分子的限制圖譜。此外，每一個DNA分子上富含A∶T堿基對和富含 G嗈C堿基對的區域的分布各不相同。富含A∶T堿基對的區域比富含G嗈C堿基對的區域更易變性。所以在嚴格控制的變性條件下每一種 DNA分子具有變性環的特定分布形式，構成部分變性圖。