占此類病人的絕大多數,其具體原因尚不十分清楚。現有的資料表明,大多數特發性生長激素缺乏癥的原因病變在下丘腦,其生長激素釋放激素(GHRH)的釋放明顯減少，一些尸檢資料發現，垂體前葉內有足夠的生長激素細胞數目與相當的細胞內生長激素儲存，這些患兒對用GHRH及其類似物治療的反應良好。
GHRH不僅能促使垂體的生長激素細胞生長發育與分泌激素，它還能促使GH基因的表達，從而促進GH基因的轉錄、翻譯、合成與儲備。較普遍認為此癥是患兒有早期下丘腦病變，使GHRH細胞受損，最終GHRH的分泌頻率、分泌量均減少，使垂體的GH細胞接收不到足夠的信號，以致GH細胞發育不良，激素的儲存與分泌減少。
導致下丘腦GHRH細胞受損的直接原因，看來是多因素的，包括出生前下丘腦發育不良，出生時和出生后的感染，甚至與自身免疫有關，還可能與出生時的缺氧、產傷有關。這些因素完全有可能引起其他下丘腦和垂體的激素分泌異常，但特發性生長激素缺乏癥幾乎都是孤立的生長激素缺乏。
該類病人受致病因子作用后，如產生其他的釋放激素或釋放抑制激素，臨床與實驗室檢查在現有的激素檢測水平上應能發現;看來致病因子還不十分明確，上述可能的原因與GHRH細胞選擇性受損的環節還有待進一步研究。
另外有相當一部分病人對GHRH治療無明顯反應或反應不良，特發性垂體性侏儒不僅有下丘腦的原發病變，垂體本身也可能因產傷、出生時感染和缺氧，以及出生后感染、自身免疫等因素引起病變。由于該病的病情是一種良性過程，尚缺乏直接與下丘腦和垂體有關的生理、生化、病理的詳細資料。