犬科動物多組學資源庫iDog2.0建立

近日，國家生物信息中心研究員趙文明團隊與昆明動物研究所副研究員柳延虎團隊合作，發布犬科動物多組學資源庫iDog 2.0，提供了更加全面的多組學數據資源及更加豐富的在線分析工具，為全球犬類研究者提供更高質量的數據服務。

家犬是自然界中種內遺傳多樣性最為豐富的物種之一，也是研究人類遺傳性疾病的重要動物模型。近年來，犬類基因組、轉錄組、表觀基因組、表型組等組學數據的快速積累為犬類馴化過程、行為模式、形態發育等方面的研究提供了寶貴數據基礎。iDog致力于為犬科研究相關的科研人員提供全面的數據服務和在線分析工具，自2019年發布以來，在犬類疾病和群體遺傳等領域發揮了重要作用。

趙文明介紹，iDog 2.0全面整合分析了犬類多組學數據資源。在基因組變異層面，該資源庫收集了來自1,929個現代樣本的2 955萬個單核苷酸多態性和1654萬個插入/缺失，以及來自111個古代樣本的2 909萬個單核苷酸多態性，同時鑒定并整合了43,487個特定品種的單核苷酸多態性和530個與疾病/性狀相關的變異，為全球犬類研究提供了寶貴的遺傳信息。在基因表達層面，平臺整合分析了來自2,947個樣本的基因表達情況，提供涉及不同犬類品種和組織的基因表達圖景和不同犬類疾病的差異基因表達信息。在表觀基因組學層面，i平臺提供了來自547個樣本的DNA甲基化信息，以及來自87個樣本的染色質可及性信息，為分析犬類基因表達調控提供支持。

據悉，iDog 2.0還提供了897個犬類疾病的表型數據、3,207個基因型-表型對以及與犬類疾病關聯的349個基因信息，并構建了犬類品種本體和犬類疾病本體，以實現品種和疾病標準化。iDog 2.0還提供了13種在線分析工具，包括基于檢索增強生成的問答工具（DogRAG）和基于圖像的品種分類工具（DogVC）等，為犬類研究者提供便利。

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https://doi.org/10.1093/nar/gkae1031