肉豆蔻性味辛、溫，歸脾、胃、大腸經，具有溫中行氣、澀腸止瀉之功，常用于脾胃虛寒、久瀉不止、胃寒氣滯、脘腹脹痛及食少嘔吐等病證。其常規用量為3~10g，煎服，內服須煨治去油用，濕熱瀉痢者忌用。
現代藥理學研究證明，肉豆蔻含揮發油（5%~15%）、肉豆蔻醚、丁香酚、異丁香酚和多種萜烯類化合物。肉豆蔻揮發油中所含的甲基異丁香酚能抑制中樞神經，有鎮靜催眠作用，對金黃色葡萄球菌、肺炎雙球菌、枯草桿菌及堅忍鏈球菌等有較強的抗菌作用；揮發油中的甲基丁香酚和欖香脂素有麻醉作用；所含揮發油除具有祛風、降低丙氨酸氨基轉移酶等作用外，對胃腸道有刺激作用，大劑量能抑制胃液分泌和胃腸蠕動。