1. 制備瓊脂糖凝膠，盡可能薄。DNA樣品與上樣緩沖液混勻，上樣。推薦使用的靶基因的上樣量見不同條件下上樣本的使用指針比較表。一般而言，對地高辛雜交系統，所需DNA樣品的濃度較低，每道加2.5-5μg人類基因組DNA；如果基因組比人類DNA更復雜（如植物DNA）則上樣量可達10μg；每道上質粒DNA<1ng。
2. 分子質量標志物（DIG標記）上樣。
3. 電泳，使DNA條帶很好的分離。
4. 評價靶DNA的質量。在電泳結束后，0.25-0.50μg/mlEB染色15-30min，紫外燈下觀察凝膠。