原理如下：
瓊脂糖凝膠電泳是用瓊脂糖作支持介質的一種電泳方法。其分析原理與其他支持物電泳最主要區別是：它兼有“分子篩”和“電泳”的雙重作用。
瓊脂糖凝膠具有網絡結構，物質分子通過時會受到阻力，大分子物質在涌動時受到的阻力大，因此在凝膠電泳中，帶電顆粒的分離不僅取決于凈電荷的性質和數量，而且還取決于分子大小，這就大大提高了分辨能力。
但由于其孔徑相比于蛋白質太大，對大多數蛋白質來說其分子篩效應微不足道，現廣泛應用于核酸的研究中。
目前多用瓊脂糖為電泳支持物進行平板電泳，其優點如下：
(1)瓊脂糖凝膠電泳操作簡單，電泳速度快，樣品不需事先處理就可以進行電泳。
(2)瓊脂糖凝膠結構均勻，含水量大（約占98%~99%)，近似自由電泳，樣品擴散較自由電流，對樣品吸附極微，因此電泳圖譜清晰，分辨率高，重復性好。
(3)瓊脂糖透明無紫外吸收，電泳過程和結果可直接用紫外光燈檢測及定量測定。
(4)電泳后區帶易染色，樣品極易洗脫，便于定量測定。制成干膜可長期保存。