如果DNA出現降解或者是混有其他雜質，例如蛋白質、RNA的話，那么瓊脂糖凝膠就能夠檢測得到DNA的質量。
標準主要是通過觀察電泳條帶的亮度，通過亮度就可以粗略地計算出DNA條帶的含量。如果DNA出現損失，對應的條帶就會變暗或者是消失。
線性的單一DNA樣品一般是單條帶,質粒的話可能會有2-3條帶.
如果條帶變寬、變暗、或者變成彌散的DNA條帶,表示DNA非特異的降解.
如果條帶變成多條,表示可能被酶切.如果質粒被單酶切,可能變成一條亮帶.
如果有蛋白質污染,上樣孔可能發亮.如果有RNA污染,可能小分子量部分會有彌散.