在藥代動力學中，簡單擴散的限制因素是物質的脂溶性、分子大小和帶電性。
一般說來, 氣體分子（如O2、CO2、N2）、小的不帶電的極性分子（如尿素、乙醇）、脂溶性的分子等易通過質膜，大的不帶電的極性分子（如葡萄糖）和各種帶電的極性分子都難以通過質膜。
多數藥物為弱酸性或弱堿性藥物，在體內會解離而影響吸收，弱酸性藥物在酸性環境下解離少，非解離型多，易通過生物膜，弱堿性藥物相反。
