細胞凋亡是指為維持內環境穩定，由基因控制的細胞自主的有序的死亡。細胞凋亡與細胞壞死不同，細胞凋亡不是一件被動的過程，而是主動過程，它涉及一系列基因的激活、表達以及調控等的作用，它并不是病理條件下，自體損傷的一種現象，而是為更好地適應生存環境而主動爭取的一種死亡過程。
長期以來細胞壞死被認為是因病理而產生的被動死亡，如物理性或化學性的損害因子及缺氧與營養不良等均導致細胞壞死。壞死細胞的膜通透性增高，致使細胞腫脹，細胞器變形或腫大，早期核無明顯形態學變化，最后細胞破裂。另外壞死的細胞裂解要釋放出內含物，并常引起炎癥反應；在愈合過程中常伴隨組織器官的纖維化，形成瘢痕。
但是近期的研究表明，細胞壞死可能是細胞“程序性死亡”的另一種形式，具有包括引發炎癥反應在內的重要生理功能。當細胞凋亡不能正常發生而細胞必須死亡時，壞死作為凋亡的“替補”方式被采用。
細胞凋亡是細胞主動的死亡過程，其發生是受程序控制，逐步激活凋亡通路引起的，不產生炎癥。而壞死由于細胞內含物釋放到細胞外，導致炎癥。