轉基因動物與生物反應器是20 世紀生命科學發展的一個里程碑，但現在仍然存在著許多急需解決的問題。由于轉基因動物的研究在理論和技術上尚有不完善之處，使得轉入的外源基因在動物基因組中隨機整合、調節失控、遺傳不穩定，表達率不高。要提高轉基因的效率，保證外源基因的有效表達，關鍵是基因構建的定點整合。轉基因動物生物反應器的產品的安全性問題。這包括轉基因動物的產物的分離和提純，表達產物的結構和生物活性與人體蛋白的相似性的問題。只有從表達產物除去能引起人類變態反應的非人類蛋白，并且產品與人體蛋白有足夠的相似性，才能應用于人類的健康事業。轉基因動物的成活率低，出生后的部分個體表現出各種生理和免疫缺陷。如為提高生產性能而制備的轉基因豬出現了雌性不育、胃潰瘍和關節炎等病癥； 而克隆牛已經先后死去； 轉基因后獲得的目的性狀，通過有性繁殖后，遺傳性狀出現分離，如英國的一只高產1-AT 羊奶的轉基因綿羊，其子代羊奶中的含僅為其母親的1/10[6]。盡管轉基因動物生物反應器的研究仍面臨著許多需要解決的問題，但它
潛在的社會價值是無可估量的。在未來幾年內，將有多種動物乳腺生物反映器重組蛋白上市，從而形成市場前景廣闊和利潤巨大的新生物制藥行業。