動物反應器：比如小鼠乳腺細胞表達系統等，具有真核動物細胞的蛋白加工系統，適合表達微生物反應器和植物反應器不能很好表達的動物內源性基因。
植物反應器：擬南芥，煙草等，適合表達一些真核基因和某些原核基因。其應用主要是摸索該基因在模式化植物中的作用，對農業作物基因改良有積極意義。
動植物反應器：優點在于能表達較為復雜的蛋白，缺點就是操作復雜，周期長，轉化效率低。
微生物反應器：大腸桿菌，畢赤酵母等，適合表達原核蛋白和一些真核蛋白。優點就是生長快，周期短，操作簡單，轉化效率高。缺點就是對于一些真核蛋白缺乏必要的蛋白修飾加工系統，有可能造成該蛋白不表達或者表達無活性（比如包涵體形式存在）