生物發酵罐發酵初期一旦發現種子受到雜菌污染，那么該種子就不能再接入罐體中進行發酵，應經滅菌后棄之，并對種子罐內、管道等進行仔細檢查和徹底滅菌。然后，要采用備用種子，選擇生長生產無染菌的種子接入發酵罐，繼續進行發酵生產。如無備用種子，則可選擇一個適當菌齡的發酵罐內的發酵液作為種子，進行"倒種"處理，接入新鮮的培養基中進行發酵，從而保證發酵生產的正常進行。
當生物發酵罐在發酵前期發生染菌后，如培養基中的碳、氮源含量還比較高時，終止發酵，將培養基加熱至規定溫度，重新進行滅菌處理后，再接入種子進行發酵；如果此時染菌已造成較大的危害，培養基中的碳、氮源的消耗量已比較多，則可放掉部分料液，補充新鮮的培養基，重新進行滅菌處理后，再接種進行發酵。也可采取降溫培養、調節pH值、調整補料量、補加培養基等措施進行處理。