生物安全柜的工作原理主要是將柜內空氣向外抽吸，使柜內保持負壓狀態，通過垂直氣流來保護工作人員；
外界空氣經高效空氣過濾器( high-efficiency particulate air filter, HEPA過濾器)過濾后進入安全柜內，以避免處理樣品被污染；
柜內的空氣也需經過HEPA過濾器過濾后再排放到大氣中，以保護環境。
