生物安全柜玻璃門為手動操作，正常工作時玻璃門的開啟高度200mm，如果超出表示高度時，聲光報警系統啟動，提醒用戶玻璃門超高。注：當玻璃門開啟時，紫外燈無法開啟。
生物安全柜電源為220V、50Hz，柜體后部方有接地標志，必須做到可靠接地后方可使用。
接通電源后，通電進入待命狀態。
（1）按下[紫外燈控制鍵]，開啟紫外燈消毒30分鐘后將紫外燈關閉。（注：此時玻璃門應是關閉狀態）
（2）打開玻璃門到標識處。
（3）按下[風機啟動鍵]，開啟風機約30分鐘左右，使操作區達到規定的潔凈度。
（4）按下[照明控制鍵]，開啟照明燈，操作人員方可進行工作。
當檢測人員完成工作后，應將儀器關閉，首先關閉風機、玻璃門，打開紫外燈消毒30分鐘，以殺滅殘留在安全柜內部的病菌。
然后關閉紫外燈，打開玻璃門，清潔工作臺面及集液槽。最后關閉電源。
最后是注意事項和維護保養，注意事項：生物安全柜在使用中，前玻璃擋板應處于工作狀態（開口20厘米）。
生物安全柜中的器材和設備應減少至最少，在據工作區周邊15cm范圍內進行操作。（建議大型容器間應留有空隙）生物安全柜內不能使用本生燈，可用小型電子爐，建議使用無菌一次性接種環。
工作前，操作者應調節椅子高度，確保自己的臉在前開口之上，手臂放入安全柜內約1分鐘后，才能進行材料操作。
操作者手臂不可頻繁出入生物安全柜。決不能讓實驗記錄簿、廢塑料包裝物，吸樣器等堵住前格柵，所有操作都應在操作平面中部或后部據前格柵10厘米以內進行。
盡量減少在操作者背后走動，房間內不應有產生干擾氣流的設備，安全柜的正面不應對著經常開啟的門窗。操作者的手臂不可頻繁出入生物安全柜。
否則會打亂氣流破壞保護氣幕。
在生物安全柜內工作時可采取一些避免發生交叉污染的措施：開口的試管和瓶子不應垂直放置。
操作者用培養皿和組織培養皿時應拿著蓋遮其上方。（直立式吸管收集容器不應在生物安全柜內使用）瓶蓋和試管帽操作完成后應盡快蓋上。
禁止在強輻射源（如非屏蔽的射頻源）旁使用本設備。