處理檸檬酸生產廢水比較常見的處理方法為生物法，生物法又分為厭氧生物法和好氧生物法在國外處理檸檬酸生產廢水的主要方法為上流式厭氧污泥床，其處理廢水的步驟如下。首先使廢水在經過反應器底部之后進入到內筒，然后廢水不斷上升直至達到反應器最頂端的水分布器，再利用虹吸管將廢水導入馴化好的污泥中，不斷進行混合，厭氧菌將廢水里的有機物分解成沼氣，利用三相分離器將沼氣、污泥與水分離并各自排出。此種方法的優點為處理效果好、操作比較簡單以及剩余的污泥較少等。
好氧生物法主要為活性污泥法，此方法利用好氧類的微生物來分解有機廢水，而這種好氧微生物就稱為活性污泥。活性污泥中的微生物占有比例較大，其中細菌在分解過程中發揮凈化作用，其主要通過降解有機廢水中的可降解成分，從而達到凈化廢水的目的。活性污泥分解廢水中有機物的步驟：
（1）將有機物吸附于污泥表面，完成初步凈化；
（2）利用活性污泥中的微生物分解吸附于污泥表面的有機物；
（3）將分解的廢水進行凝聚并經過沉淀作用，從而達到分解有機廢水的目的。