在合成工藝性化過程中，固定化酶在可操作性和經濟性兩方面都具備巨大的優勢。
除了使用方便，固定化酶擁有分離簡單和可重復使用兩大最主要的優點。反應完畢可以通過過濾等常規手段與產品分離，大大降低產品的下游處理成本，而且可以高效應用于各種類型的反應器，實現生產連續化和自動化，提升反應效率。另外，固定化酶的可重復使用特性，使用成本大幅下降，解決了酶催化應用過程中面臨的最大障礙。
應用固定化酶有非常大的靈活性，適用于固定床連續生產工藝，也適用于釜式攪拌反應器的批次生產工藝。
固定化酶具有剛性結構，增加了酶的穩定性，特別是在有機溶劑中，避免了酶活性結構的改變，維持酶活性穩定。
固定化收率、傳質限制和操作穩定性是制備固定化酶過程中的關鍵參數，深刻的影響酶的固定化效率，必須嚴格控制。通過弱電相互作用力吸附或強共價作用力鍵合連接，是酶固定化的兩種主要途徑，使用哪種方法固定取決于固定化酶的使用條件和應用需要。