醫院獲得性肺炎病情復雜，演變迅速，病死率為25%～60%，而銅綠假單胞菌肺炎的病死率可高達70%～80%，早期有效抗菌治療是關鍵。瑞金醫院一組患者死亡率為40%，其中死于呼吸衰竭8例，循環衰竭3例，多臟器功能衰竭5例，肺癌4例，感染未控制3例。因此在處理肺炎的同時應全面處理心、肺功能衰竭，電解質紊亂，酸堿失衡和多臟器功能衰竭等并發癥，以及同時存在的各種基礎疾病。
醫院獲得性肺炎的根本治療為及時正確選用有效抗菌藥物。應強調病原學診斷的重要性，以便有針對性地選用抗菌治療藥物。由于監測技術的原因，多數情況下即刻確定病原菌有一定困難，因此早期治療多屬經驗性用藥，但是經驗性治療亦在一定程度上依據于本地區或本院的流行病學資料以及結合病情進行評價，應盡量避免盲目性和隨意性。因此臨床醫生和實驗室工作人員必須密切配合，力爭獲得特異性的病原學診斷。例如盡量取得良好的痰液標本，甚至通過纖支鏡作支氣管肺泡灌洗(BAL)和保護性標本刷(PSB)取得免受污染的呼吸道分泌物做檢查，以及開展各種新的特異性更高的監測技術，為臨床診療提供依據。開始經驗性應用抗菌藥物治療后，一旦取得病原學診斷資料，就應據此對治療方案進行調整。而在整個療程中，亦應隨時進行細菌學監測，以了解病情演變過程中的菌群變化及耐藥菌出現的可能性。如果仍未能得到病原學診斷結果，則仍需隨時綜合臨床資料，重新審視，隨時調整治療方案。
選用抗菌藥物及設計治療方案尚需考慮病情的嚴重程度，機體免疫狀態以及肺部或全身基礎病變，藥效學，毒理學和藥代學等藥理知識。
1.經驗性治療 在缺乏確定病原學和臨床資料的情況下，宜選用廣譜抗菌藥物進行經驗性治療，當前醫院獲得性肺炎以需氧革蘭陰性桿菌感染最為多見，因此宜首先選用對革蘭陰性桿菌有殺菌作用的抗菌藥物，并根據病情和有關危險因素綜合判斷，考慮單獨或聯合治療方案。例如昏迷，頭部創傷，近期流感病毒感染，糖尿病，腎衰等患者發生NP，以金黃色葡萄球菌感染機會較多，長期住ICU，長期應用糖皮質激素，先期抗生素應用，支氣管擴張癥，粒細胞缺乏和晚期AIDS者以銅綠假單胞菌多見，而腹部手術后或吸入性因素可能者，應考慮厭氧菌感染。
(1)輕、中度醫院獲得性肺炎：常見病原為腸桿菌科細菌，流感嗜血桿菌，肺炎鏈球菌，甲氧西林敏感金黃色葡萄球菌(MSSA)等，可選擇第二、三代頭孢菌素類(不必包括具有抗假單胞菌活性者)，如頭孢呋辛(Cefuroxime)，頭孢噻肟(Cefotaxime)，頭孢曲松(Ceftriaxone)和頭孢地嗪(Cefodizime)，或β內酰胺酶類/β內酰胺酶抑制劑，如氨芐西林/青霉烷胺(Ampicillin/sulbactum)或(coamoxilline)，青霉素過敏者選用氟喹諾酮類，如氧氟沙星(Ofloxacin)，環丙沙星(Cyrofloxacin)和左氧氟沙星(Levofloxacin)，及其他新喹諾酮類以及單胺類，如氨曲南(Azotreonam)等。
由于患者往往已用過抗菌藥物治療，耐藥菌發生率高，部分病原菌呈多種耐藥性，故多考慮聯合治療方案，如氨基青霉素(Aminopenicillin)加氟氯西林(Flucloxacillin)或萘夫西林(Nafcillin)，又如第二、三代頭孢菌素聯合氨基糖苷類或氟喹諾酮類。氨基糖苷類抗菌譜廣，殺菌作用迅速，并有很好的協同作用，但呼吸道分泌物和肺組織滲透性差，且療效/毒性比低，用藥安全性差，故其臨床應用價值有不同意見。喹諾酮類抗生素近年有很多發展，對革蘭陰性桿菌感染有效，但左氧氟沙星，以及第三、四代喹諾酮類如司氟沙星。