病因較復雜，以原發性者多見，其次為垂體性者，其他均屬少見。
1、原發性甲狀腺功能減退：由于甲狀腺腺體本身病變引起的甲減，占全部甲減的95%以上，且90%以上原發性甲減是由自身免疫、甲狀腺手術和甲亢治療所致。
2、繼發性甲狀腺功能減退：由下丘腦和垂體病變引起的促甲狀腺激素釋放激素（TRH）或者促甲狀腺激素（TSH）產生和分泌減少所致的甲減，垂體外照射、垂體大腺瘤、顱咽管瘤及產后大出血是其較常見的原因；其中由于下丘腦病變引起的甲減稱為三發性甲減。
3、甲狀腺激素抵抗綜合征：由于甲狀腺激素在外周組織實現生物效應障礙引起的綜合征。