接種流感疫苗是避免患流感最有效的方法。由于流感病毒經常變異，疫苗使用中的主要問題是毒種的選擇，制造疫苗的毒株力求接近流行株。每年9月和2月，WHO全球流感規劃小組分別建議南半球通常5～6月開始和北半球11～12月開始的下一個流感流行季節使用流感疫苗的成分。成分是基于國家流感中心和WHO合作中心的全球網絡的監測資料。現行流感疫苗含有2個亞型甲型流感病毒抗原(H3N2和H1N1)和1個乙型流感病毒抗原。這些疫苗有3種類型，
1、全病毒疫苗由整個滅活的病毒構成，所以副作用也比較大。接種全病毒體疫苗的方法已經在很大程度上被其它方法所取代。
2、裂解病毒疫苗由經去污劑處理裂解的病毒顆粒組成，裂解流感疫苗包括表面抗原、血凝素、神經氨酸酶、核蛋白和基質蛋白等成分。此疫苗適合于成年人和兒童。
3、亞單位疫苗 主要由已去除其他病毒成分的、只產生抗體保護反應的HA和NA組成。由于純度較高，安全性和耐受性均較強，尤其適用于兒童。
流感疫苗通常不加佐劑。但最近歐洲聯盟已批準一種亞單位疫苗，含有新型水包油佐劑(MF59)。此種疫苗似對老年人可增強抗體應答，但這一研究結果的臨床意義需要進一步闡明。流感活疫苗已在前蘇聯和其他一些國家使用。流感活疫苗的鼻腔應用試驗目前正在美國進行。
現有滅活流感疫苗對高危人群的有效性已被證實，但其保護期有限，每年均需接種，并在注射后可能的副反應，以及缺乏局部和細胞免疫，促使研制一種噴霧型減毒流感活疫苗。在早期，前蘇聯和日本都研制過噴霧型減毒流感活疫苗，但報道的的有效性數據不能令人信服。最近，冷適應和重配病毒株經過較周詳的試驗，取得極好的效果。兒童試驗表明高度有效，成人試驗表明活疫苗對滅活病毒的免疫原性有協同作用。
接種流感疫苗能預防流感病毒感染，不能夠預防禽流感病毒。但根據WHO“關于在H5N1病毒感染高危人群中應用流感疫苗的指引”，流感疫苗雖然不能保護接種者免除H5N1高致病性禽流感病毒的感染，但卻能降低接種者同時感染人和禽流感病毒病毒的機會，從而降低流感病毒發生病毒基因重組的機會并降低可能出現新型流感病毒大流行的危險性。