甲型肝炎的診斷除依據臨床癥狀、體征、各種實驗室檢查及流行病學資料外，也可用血清學方法及病原學方法對其進行診斷。另外，分子生物學的發展也提供了新的檢測病原方法 。
微生物學診斷
目前對甲型肝炎的微生物學檢查，以HAV的抗原和抗體為主。應用的方法包括免疫電鏡、補體結合試驗、免疫粘附血凝試驗、固相放射免疫和酶聯免疫吸附試驗、多聚酶鏈反應、cDNA-RNA分子雜交技術等。抗HAVLgM具有出現早、短期達高峰與消失快的特點，故它測得是甲型肝炎新近感染的標志。抗HAVLgG的檢測有助于流行病學檢查。
病毒快速診斷
過去一般采用抗原和抗體免疫學試驗、補體結合試驗和血凝試驗來檢測甲型肝炎病毒。然而，近年來具有高度敏感性和特異性的第三代免疫學方法，如放射免疫試驗( RIA)和酶免疫試驗(EIA)已取代了上述方法。這些技術可用來檢測臨床標本中的甲型肝炎病毒抗原。
血清學診斷
采用檢測發病急性期血清中的抗甲型肝炎病毒的IgM可診斷急性甲型肝炎病毒感染，該抗體在發病后幾周內達到峰值，然后急劇下降。發病后5個月，50%的患者抗甲型肝炎病毒的IgM，暫為陰性。
分子生物學檢測技術
甲型肝炎病毒基因組的部分基因已被克隆，由這些基因組制備的cDNA探針可通過cDNA -RNA雜交方法用于測定甲型肝炎病毒的RNA。用放射免疫試驗和分子雜交方法可從試驗性感染絹毛猴和恢復期糞便標本中檢出甲型肝炎病毒和抗甲型肝炎病毒的IgA。另外，用RT -PCR方法可檢測甲型肝炎病毒的核酸。