基因組直接測序法是過去一直沿用的DNA甲基化的研究方法，用Maxam—Gilbert化學裂解法對基因組DNA進行處理，并以連接介導的PCR來放大信號強度，然后進行序列分析。此法是基于5mC在標準的Maxam—Gilbert胞嘧啶化學裂解反應中不被裂解，故5mC可通過在測序膠上缺少對應于胞嘧啶降解反應產物的一個條帶而得以鑒定。如采用MnO4
