甲基化特異PCR是用對苯二酚和亞硫酸氫鈉處理氫氧化鈉變性的基因組DNA,使得未甲基化的C轉化為T。
按照C轉換T后的基因序列設計出來的引物擴出目的基因。由于甲基化CpG島中的C不能被轉化為T,用以上的引物將不會擴出目的基因。通過上述手段就能達到識別基因組DNA甲基化與否的目的。