在非CpG島位置設計一對針對亞硫酸氫鹽修飾后的DNA雙鏈的引物,這對引物中間的片段包含感興趣的CpG島。若這些CpG島發生了甲基化,用亞硫酸氫鹽處理后,未甲基化的胞嘧啶經PCR擴增后轉變成胸腺嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不變,樣品中的GC含量發生改變,從而導致熔解溫度的變化。