各種細菌所具有的酶系統不盡相同，對營養基質的分解能力也不一樣，因而代謝產物或多或少地各有區別，可供鑒別細菌之用。用生化試驗的方法檢測細菌對各種基質的代謝作用及其代謝產物，從而鑒別細菌的種屬，稱之為細菌的生化反應。
大腸桿菌等分解葡萄糖產生丙酮酸，丙酮酸再被分解，產生甲酸、乙酸、乳酸等，使培養基的pH降低到4．2以下，這時若加甲基紅指示劑呈現紅色。因甲基紅指示劑變色范圍是pH4．4(紅色)～pH6．2(黃色)。產氣桿菌，分解葡萄糖產生丙酮酸，但很快將丙酮酸脫羧，轉化成醇等物，則培養基的pH仍在6．2以上，故此時加入甲基紅指示劑，呈現黃色。