用于染印織物及生物體染色 。
商品通常為鋅復鹽C26H33N3Cl2·ZnCl2(稱C.I.堿性藍20)。
用于細菌染色(新鮮標本細胞核染色)甲基綠-鹽酸混合物用于鑒定精子、淋球菌和肥大細胞染色。
甲基綠可用于鑒定DNA。DNA遇甲基綠（常溫）會被染成藍綠色。
