本病應與引起低鈣血癥的疾病進行鑒別，如維生素D供給不足或吸收欠佳、腎功能衰竭等疾病鑒別。
1.腎功能不全
根據慢性腎臟病病史，尿檢常規蛋白、紅細胞及管型陽性；血尿素氮、肌酐升高有助診斷。低血鈣、高血磷病人，PTH測值多增高，而甲旁減PTH降低，可資鑒別。
2.擴張型心肌病
本病心臟增大，易發生心力衰竭，需與甲旁減心肌病鑒別。后者有甲旁減癥狀，實驗室檢查表現低血鈣、高血磷，并PTH降低。經有效補充鈣劑治療后，心力衰竭可明顯改善。
3.假性甲旁減
假性甲旁減患者是由于甲狀旁腺激素（PTH）生物活性降低或PTH受體不敏感，導致免疫活性PTH升高，而生物活性PTH低下，他們的生化和臨床表現和甲狀旁腺功能低減患者完全相似，但是PTH是升高的。這些患者多數在體征上有一些特殊表現，如臉偏園，頸短、有頸蹼，第四掌骨短，智力略低等體征。
4.假假性甲旁減
這些患者體征有假性甲旁減的表現（如臉園、頸短、第四掌骨短等），但甲狀旁腺功能正常。